Les organes de gestion du Centre sont :
- le comité de direction ;
- le conseil scientifique ;
- le conseil consultatif.
- Le Comité de Direction prépare les projets de programme d’activités qu’il soumet à l’approbation du Conseil Scientifique. Il est également responsable de la gestion administrative du Centre.
- Le conseil Scientifique est l’organe suprême du Centre. Il détermine l’orientation générale et la nature des activités de recherche.
- Le Conseil Consultatif est composé de deux catégories de membres :
- les membres d’office (membres du Conseil Scientifique) et
- les membres représentant l’administration publique, les entreprises publiques et privées, ainsi que d’autres organismes qui s’intéressent au développement économiques et social du Burundi.